Когда впервые были получены трансгенные культуры, казалось, что это даст возможность резко снизить применение пестицидов. Однако широкое использование ГМ-культур привело не к уменьшению, а увеличению объемов применения средств защиты растений. Сорняки и вредители за 16 лет, прошедших с начала выращивания ГМ-культур, сумели выработать резистентность к гербицидам и токсинам, что привело к появлению «суперсорняков» и «супервредителей». В результате фермерам пришлось повышать нормы внесения препаратов и возвращаться к старым менее экологичным продуктам, а также использовать сложные многокомпонентные баковые смеси.
Расчеты, проведенные учеными Вашингтонского государственного университета (США), показывают, что за 16-летний период выращивания трансгенных культур в США применение пестицидов возросло на 183 тыс. т, при этом использование гербицидов выросло на 239 тыс. т, а инсектицидов снизилось на 56 тыс. т.
Устойчивые «суперсорняки» чрезвычайно выносливы и способны давать более 10 тыс. семян с одного растения. Особое беспокойство американских фермеров вызывают амброзия и амарант, отличающиеся быстрым ростом и высокой вредоносностью. Выращивание Bt-кукурузы способствовало не только появлению устойчивых к токсину вредителей, но и снижению численности полезных насекомых. Появление резистентных вредителей вынуждает фермеров вновь вернуться к обработкам инсектицидами и увеличить пестицидную нагрузку на агроэкосистемы. Профессор Чарльз Бенбрук (Charles Benbrook) из Университетского Центра устойчивого сельского хозяйства и природных ресурсов (University’s Center for Sustaining Agriculture and Natural Resources) подчеркивает, что «устойчивость сорняков стала серьезной проблемой для многих фермеров, возделывающих трансгенные культуры, и многим из них приходится ежегодно увеличивать внесение гербицидов на 25%».