В полку юного Болотова встретили хорошо. Новый командир, бывший в свое время в дружеских отношениях с его отцом и знавший о том, что Андрей круглый сирота, позволил ему жить на квартире вместе с А. Ф. Травиным, хотя по уставу сержанты должны были находиться в казарме. Сослуживцы-офицеры, на глазах у которых Болотов рос с детских лет, тоже всячески старались поддержать юношу, так рано потерявшего родителей.
Особенно это проявилось при следующих обстоятельствах. Вскоре после прибытия Андрея в полк из военной коллегии пришли документы о присвоении офицерского звания сержантам полка. В списке представленных к присвоению офицерского звания против фамилии Болотова было сделано примечание: «Обойден за неявкой в полк».
Дело было в том, что отец Андрея, записывая сына в полк, прибавил ему в графе о возрасте лишний год. Поэтому военная коллегия считала сроком возвращения юноши из отпуска не 1754-й год, а 1753-й. Офицеры полка, сочувствуя Андрею, посоветовали ему обратиться в военную коллегию с ходатайством об исправлении допущенной несправедливости, тем более, что представлялся он «через чин», то есть на звание не прапорщика, а подпоручика. Кроме того, офицеры от своего имени написали соответствующее прошение.
Получив кратковременный отпуск для поездки, Андрей съездил в Петербург и в полк вернулся уже подпоручиком. Главную роль в успешном завершении дела сыграло имя отца, которого еще хорошо помнили в военной коллегии. Особенно помог молодому человеку чиновник М. А. Яковлев.
Не успел новоиспеченный офицер привыкнуть к погонам, как его полк направили на театр военных действий в Пруссию. В своих воспоминаниях об этом периоде жизни Андрей Тимофеевич очень красочно описал поход в Пруссию, Гросс-Егерсдорфское сражение и другие события.
Русская армия заняла Восточную Пруссию, и Архангелогородский полк был назначен нести караульную службу в ее столице — Кенигсберге. Управление оккупированной территорией осуществлял военный генерал-губернатор при помощи специально организованной канцелярии. Для ведения дел с местным населением потребовались люди, хорошо знающие немецкий язык. Поэтому вскоре после занятия Кенигсберга подпоручик Болотов оказался в составе этой канцелярии. Первое время генерал-губернатором был Н. А. Корф.
Сравнительно быстро жизнь в городе пришла в норму, работы в канцелярии поубавилось, и у Андрея, освободившегося от повседневных полковых забот, оказалось свободное время. Не привыкший к разгульной жизни, которую вели молодые офицеры, Болотов пристрастился к чтению книг. Сначала он покупал их в книжных лавках, расходуя на это большую часть своего жалованья (Н. А. Корф был богатым, и его кухня обеспечивала питанием не только его самого, но и всех офицеров канцелярии, причем никакой платы с них за это не взималось). Сослуживцы из местных жителей подсказали Болотову, что для того, чтобы прочесть книгу, не обязательно ее покупать, и рассказали об имеющихся в городе библиотеках. Но и начав пользоваться этим способом знакомства с книгами, Андрей все же не оставил привычки покупать печатные труды.
Первое время он читал главным образом романы. Но вот как-то попала ему в руки книга И. Зульцера, описывающая красоты природы. О впечатлении произведенном этой книгой и другими, подобными ей, он впоследствии писал: «Не успел я их прочесть, как не только глаза мои, власно (как-будто) (В скобках даны пояснения автора к тексту А. Т. Болотова) как растворились, и я начал на всю натуру смотреть совсем иными глазами и находить там тысячи приятностеи, где до того ни малейших не примечал; но возгорелось во мне пламенное и ненасытное желание читать множайшие книги такого же сорта и узнавать отчасу далее все устроение света. Словом, книжки сии были, власно, как фитилем, воспламенившим гнездившуюся в сердце моем и до того самому мне непонятную охоту ко всем физическим и другим так наз. естественными наукам. С того момента почти оставлены были мною все романы с покоем, и я стал уже выискивать все такие, которые к сим сколько-нибудь имели соотношение, и поелику у немца, снабжающего меня книгами, было таких мало, то не жалел я нимало денег на покупку совсем новых из лавки и доставал везде такие, где только можно было отыскать».
Болотов не только много читал, но и переводил иностранные книги на русский язык. Книги будоражили его мысли, он проводил доступные физические опыты, сам мастерил некоторые простые приборы (модель фонтана, стереоскоп). Большую роль в развитии молодого человека сыграло знакомство со студентами, а через них и с профессорами Кенигсбергского университета. Посещение лекций, беседы с учеными значительно обогащали его знания.
Н. А. Корфа отозвали в Петербург, его сменил В. И. Суворов (отец будущего знаменитого полководца). Это заметно отразилось на положении офицеров канцелярии. Василий Иванович не был так богат, как Корф, и не мог принять на себя расходы по офицерскому столу, что заметно ударило по карману менее обеспеченных. Правда, Болотову в этом отношении повезло: хозяева квартиры, узнав о его нужде в питании, тут же предложили ему столоваться вместе с ними без всякой оплаты, утверждая, что расходы их в связи с этим почти не увеличатся. Кроме того, Суворов, привыкший рано вставать, ввел новый распорядок дня: если раньше работавшие в канцелярии приходили к 8, а то и к 9 часам, то теперь им нужно было являться к 5. Первое время многие ворчали, но потом все привыкли, а большинству нововведение даже понравилось: вся вторая половина дня теперь оказалась свободной.
В. И. Суворову не пришлось долго быть губернатором в Кенигсберге. В конце 1761 г. умерла императрица Елизавета Петровна. На трон вступил Петр III, известный своей приверженностью ко всему прусскому. Поэтому первым долгом он стал менять в руководстве, особенно военном, людей, защищавших «русский дух». Таким человеком был и В. И. Суворов, которому пришлось оставить место генерал-губернатора.
Впрочем, судьба скоро преподнесла сюрприз и подпоручику Болотову. Из Петербурга пришла бумага, согласно которой он отзывался из полка и назначался флигель-адъютантом генерал-полицмейстера города Петербурга. Сначала Андрей не мог понять, каким образом это произошло. Но вскоре все выяснилось: генерал-полицмейстером Петербурга был назначен Н. А. Корф. Он-то, зная Болотова как умного и исполнительного офицера, и перевел его к себе в штат. Сборы были недолгими, и в начале 1762 года подпоручик Болотов прибыл в Петербург.